В первые минуты Deus Ex напоминает классический шпионский боевик — то ли Том Clancy's Splinter Cell с примесью Half-Life, то ли Metal Gear Solid, герой которого ведом помыслами Графа Монте-Кристо — покрытый легким слоем киберпанка. Главный герой, Адам Дженсен, работает охранником в некой уберкорпорации, занимающейся производством всего, начиная от ночных горшков и заканчивая межконтинентальными ракетами. В числе прочего — некое секретное научное исследование по вживлению в организм человека кибернетических имплантатов. Руководит работами по этому направлению доктор Мэган Рид — по совместительству, как весьма быстро становится понятно, бывшая возлюбленная главного героя.
